新辦法對保證金的預留管理也有嚴格的規定。缺陷責任期內，實行國庫集中支付的政府投資項目，保證金的管理應按國庫集中支付的有關規定執行。其他政府投資項目，保證金可以預留在財政部門或發包方。缺陷責任期內，如發包方被撤銷，保證金隨交付使用資產一并移交使用單位管理，由使用單位代行發包人職責。

社會投資項目采用預留保證金方式的，發、承包雙方可以約定將保證金交由第三方金融機構托管；推行銀行保函制度，承包人可以銀行保函替代預留保證金。

對于預留保證金的比例，新辦法規定，發包人應按照合同約定方式預留保證金，保證金總預留比例不得高于工程價款結算總額的3%。合同約定由承包人以銀行保函替代預留保證金的，保函金額不得高于工程價款結算總額的3%。